第一次：清朝晚期，洋人开始来华兴办医疗机构。洋医“技法新奇”逐渐受到追捧，对传统中医产生了冲击。在这种大背景下，中国的学者开始探讨中国医学向何处去的问题，引爆了第一次中医存废之争，一直持续到清朝灭亡。

　　第二次：1912年，中国成立中国科学社，开始探索科学教育问题。于是，大学该不该开设中医课，成了第二次中医存废之争的基本内容。当时，北洋政府颁布的《中华民国教育新法令》，没有把“中医药”列为教育学科，这就是近代史上著名的“教育系统漏列中医案”。

　　第三次：1929年2月，南京政府卫生部召开第一届中央卫生委员会议。会上讨论了四项关于“废止中医”的提案，最后通过了余云岫起草的废止中医案。此举立即遭到中医界的强烈反抗，也引起社会各界的强烈反响。国民政府为了息事宁人，不得不取消废止中医的提案。

　　第四次：1950年新中国的第一次全国工作会议上，人们再一次讨论起中医存废问题，最后达成了“西医中国化，中医科学化”的共识。“中西医结合”和“中医药现代化”成了新时期中医存废争论双方的焦点。

　　第五次：2006年，中南大学的张功耀教授发表《告别中医中药》，以及在网络上发动“取消中医”的签名，中医界人士和卫生部发言人表示明确反对，新一轮的中医存废争论又掀起波澜。

　　1、中医药基础理论研究

　　在中医药证的研究方面，对中医证候进行了大量的动物和临床流行病调查研究，为揭示中医脏象气血学说的现代内涵积累了大量科学数据

　　2、中药基础研究

　　常用中药(单味药)物质基础进一步得到阐明，基本搞清了120种中药材的化学成分和有效成分，青蒿素、灯盏花素以及抗肿瘤的人参Rg1等一些活性成分被开发成了新药;中药复方理论研究进一步深化，特别是开展了对生脉散、当归补血汤、桂枝汤、血府逐瘀汤、六味地黄汤等代表性经典方剂的现代系统研究，以揭示其配伍原理，证明中药复方多成分通过多种途径作用于人体多个靶点发挥综合调节的优越性，中医变饮片配伍为有效组分配伍的研究正在突破。

　　3、中药资源的研究利用

　　由国家中医药管理局组织历经10年完成的“中药资源普查”基本摸清了我国中药资源的拥有量和分布情况，为保护和合理开发利用中药资源提供了科学依据;220种常用多来源中药材品种整理和质量标准的研究，基本澄清了我国中药品种混乱问题;人工麝香、人工牛黄、熊胆人工引流和犀角、虎骨代用品的研究以及甘草、麻黄、肉苁蓉等大宗药材的野生变家种的人工栽培技术的研究都取得了显著进展和良好的社会效益与经济效益。

　　4、中药饮片研究和饮片改革

　　通过对40种常用中药饮片的系统研究，使中药饮片炮制工艺更规范和科学，促进了中药饮片的工业化生产;通过对400种中药配方颗粒的系统研究，推动了中药饮片改革。

　　5、中药生产新技术、新辅料、新工艺的研究

　　中药剂型从丸散膏丹发展到了片剂、颗粒剂、胶囊、口服液等为主的40多种剂型，特别是也具有了针剂、滴丸、喷雾剂等现代剂型;大孔树脂吸附、二氧化碳超临界萃取、膜分离技术等制药新技术得到了广泛的应用，提高了中药工业生产的现代化水平;现代生物工程技术在中药材生产中的应用取得了可喜进展，如药用植物洋地黄细胞培养与强心甙的生物转化研究、冬虫夏草菌丝体的发酵生产研究。